При підготовці магістрів інститут в першу чергу орієнтується на потреби основних замовників - органів публічної влади Півдня України. Так, на їх замовлення у навчальний процес впроваджуються нові спеціалізації, розпочато підготовку за заочно-дистанційною формою навчання. У 2010 році був здійснений перший набір слухачів за новою спеціальністю "Публічне адміністрування".

Навчання у "малих групах" Заняття слухачів заочно-дистанційної форми навчання Заняття з використанням системи синхронного перекладу

     На замовлення органів публічної влади у навчальний процес впроваджуються нові дисципліни, зокрема "Основи публічної майстерності державного службовця", "Офіційні документи у діяльності службовця", "Управління соціальними проектами та конфліктами", "Запобігання та протидія корупції", "Державно-правове регулювання економіки", "Державна молодіжна політика в Україні" тощо.

     Вперше на Півдні України було розпочато магістерську підготовку за спеціалізаціями: з 1998 року "Управління охороною здоров'я", з 2005 року "Управління у сфері культури". А з 1 вересня 2010 року був здійснений перший набір 41 особи за новою спеціальністю "Публічне адміністрування".

     З 2006 року розпочато підготовку за дуже перспективною заочно-дистанційною формою навчання, що є особливо привабливим для службовців, які не можуть бути відсутніми на роботі під час сесій на заочному відділенні. Випускниками заочно-дистанційної форми стали 108 магістрів, зараз проходять підготовку понад 200 осіб.
     До навчального процесу в інституті традиційно залучаються висококваліфіковані науково-педагогічні та наукові кадри, іноземні науковці та спеціалісти-практики з великим досвідом роботи в органах публічної влади. Тільки протягом 2010 року до навчання було залучено 256 висококваліфікованих викладачів, серед яких 168 (65,6%) - керівники органів публічної влади Південного регіону України.
     В інституті започатковано виконання магістерських робіт на замовлення обласних та районних держадміністрацій. Наприклад, виконано магістерські роботи за темами, що замовлені головним фінансовим управлінням Вінницької облдержадміністрації та казначейством Автономної Республіки Крим. Питання щодо удосконалення якості магістерських робіт та наближення їх до реальних потреб органів публічної влади, підвищення якості та ефективності самостійної роботи слухачів систематично обговорюються на семінарах, конференціях, що присвячені питанням інтенсифікації та підвищення якості навчального процесу.
     З 2002 року введено в практику представлення під час захисту магістерських робіт довідок про впровадження результатів магістерського дослідження в діяльність органів державної влади та місцевого самоврядування.